序　奉柩還鄉

張保仔運送亡妻石陽﹝即鄭一嫂﹞靈柩回鄉，見景色依舊人面全非，嘆往事之唏噓。

第一場　誰舞赤旗躍春江

嘉慶十二年﹝1807年﹞，紅旗首領鄭一出海遇上颱風，不幸墮海溺斃。鄭一嫂臨危受命，暫領紅旗。一年後，一嫂有意退位讓賢，幫中以師父蕭稽蘭最老資格，以張保仔最具膽色才智，實在難以取捨，便於祭祀鄭一時問卜決定六旗誰主；擲出勝杯的結果是由張保仔掌舵。張保仔自覺資歷尚淺難當大任，並傾吐對一嫂愛慕之情，二人關係微妙；一嫂相信勝杯的結果，亦相信他能平息各旗風波，在她的協助下，張保仔逐漸取代了鄭一的地位。

第二場　軍令寒風聲聲烈

於福建水師提督府，提督夫人端木香荷是醫藥世家，父親因醫治鄭一嫂被捕下獄，更鬱死獄中；香荷下嫁水師提督孫全謀，她知道丈夫朝務煩忙，憂心忡忡，常親自熬藥調理丈夫身體。孫全謀收到兩廣總督百齡的手諭，正為出兵剿滅張保仔的軍令躊躇；端木建議讓張保仔投降，為大清國所用；她亦隨軍出發，給丈夫分憂。

第三場　珠江正流千古定

元宵佳節，糧草已備，端木香荷和孫全謀於佛山祖廟前觀看木偶戲。眼看台上武松快要殺死西門慶時，台下變故驟生，瞬間他們已被張保仔為首的海盜包圍。蕭稽蘭主張殺掉二人，但一嫂素聞孫全謀有志匡國，實為朝中難得清流，殺之不該。端木香荷為救丈夫脫離險境，於是說出乃父與一嫂的淵源，並願意當人質留下，為一嫂醫治內傷。

第四場　赤瀝角上紅旗落

嘉慶十四年，黑旗首領郭婆帶向滿清投誠，剩下紅旗負隅頑抗。蕭稽蘭本欲重整旗鼓，但大勢已去已被包圍。孫全謀上岸勸降，張保仔卻寧死不從。張保仔一直善待端木香荷，他把人質交回，準備就義。孫全謀決定報恩放過張保仔；蕭稽蘭還想發難，被張保仔阻止。端木與一嫂互相道別，張、孫二人惺惺相惜。

第五場　意興闌珊歸降清

張保仔和鄭一嫂意興闌珊，深感海盜生涯朝夕不保，已有降清之意。端木忽然到來，告訴他們孫全謀因釋放張保仔而下獄，希望他們能有辦法救出她的丈夫。一嫂憤恨不滿朝廷所為，要往劫獄；張保仔認為劫獄只會令孫全謀前途盡毀，他決定覲見百齡，向滿清投降，指明要孫全謀親手接降，功勞盡歸給他。蕭稽蘭甚為不忿，認為他們自討滅亡，怒極拂袖而去。

第六場　靖海氛記萬年勳

百齡宣讀聖旨：孫全謀平定海盜有功，復任福建水師提督。張保仔歸順天朝，賜名張寶，官拜三品，任職澎湖。六旗部眾願降者歸正，不願降者回鄉。民眾此時舞起彩龍，海氛已靖，一片昇平。

第七場　奉柩還鄉情何堪

張保仔在赤鱲角灘頭，把一嫂骨灰撒入海中。回想從前往事，仿如隔世。